根据《规划》，深圳将分为东、西两大码头区域。其中，西部以客运码头、公共游艇和旅游观光为主，兼顾陆岛运输功能；而东部码头，以公共游艇、旅游观光和海上休闲为主。在全市打造5个海上休闲和客运码头集中发展区，由西向东依次为大空港发展区、前海发展区、深圳湾发展区、盐田发展区、大鹏半岛发展区。深圳将一共规划建设16处海上休闲和客运码头，包括西部8个、东部8个。
小编了解到，这16个码头中，现有的码头有6处，分别为机场码头、妈湾陆岛码头、蛇口邮轮中心客运码头、上步码头（改造）、盐田金色海岸码头、南澳双拥码头。规划未来新建的码头有8处，分别为大铲湾码头、前海码头、姑婆角码头、大梅沙码头、小梅沙码头、南澳口岸码头、西涌码头和龙岐码头；远期预留码头2处，分别为大空港码头、坝光码头。
市交委透露，在保证安全、绿色的原则下，提出了集约化、规模化、差异化的发展思路。部分码头将具有多重功能，除了供不同类型船舶停靠外，还将尽可能和深圳的地铁、公交系统衔接起来。
其中，除现有的机场码头和蛇口邮轮中心客运码头外，《规划》透露，未来深圳还将建前海码头作为水上客运码头，以方便来往深港的商务人群水路出行。
大梅沙码头、小梅沙码头、南澳双拥码头、西涌码头、龙岐码头和坝光码头等6处被定义为“休闲船舶码头”，将可以停放快艇、摩托艇和钓鱼艇之类的各种艇。大量的其他小型船舶在保证安全前提下，也将选择合适地点，通过浮桥、系泊桩、趸船、水上系泊等方式解决船舶停放和游客上下船需要。
而未来市民可以乘船出海游览的“旅游船码头”共有12处，包括大空港码头、机场码头、前海码头、蛇口邮轮中心客运码头、姑婆角码头、上步码头、盐田金色海岸码头、大梅沙码头、南澳口岸码头、南澳双拥码头、西涌码头和龙岐码头。
此外，规划中有11处码头可以停靠游艇，即具备“公共游艇码头”功能，包括大空港码头、机场码头、大铲湾码头、前海码头、姑婆角码头、大梅沙码头、小梅沙码头、南澳双拥码头、西涌码头、龙岐码头和坝光码头等。
