三证合一之后，纳税人税号从15位升至18位，有不少涉及税号变更事项，要逐一办理。建议区分不同情况合理筹划、适时办理，规避可能出现的麻烦。税控变更是三证合一中的重点和难点，务必引起重视。
一、增值税小规模纳税人
（一）无税控
此种情况最简单，建议纳税人务必尽早办理三证合一变更手续，可以随便找个理由变更营业执照，如经营范围加一项或减一项，拿到新营业执照后到税务机关办理税务登记变更手续，今后申请税控器具时可以避免许多麻烦。
未营改增纳税人建议比照处理。
（二）有税控
纳税人因为税号升位，税控系统需要注销重发行，建议纳税人适时办理。
如非三证合一纳税人未来要转成一般纳税人，强烈建议在登记为一般纳税人前完成三证合一变更手续。
二、增值税一般纳税人
（一）无税控
建议纳税人务必尽早办理三证合一变更手续。
因纳税人存在认证抵扣事项，变更税号后原15位税号抵扣联无法认证抵扣，因此，应合理安排认证抵扣工作，变更税号前务必将已取得的抵扣联认证，通知公司人员停止取得新的抵扣联。
（二）有税控
此种情况最复杂，必须合理筹划。
取得三证合一营业执照后，要注意以下事项：
1. 建议全部发票开具完毕，验旧完成，结存为零；
如果当月购票且余票全部作废，当月不能再次领票，需要办理增量手续；
2. 建议认证已取得全部抵扣联，通知相关客户暂停开票；
税号升位后如再取得15位抵扣联将无法认证，必须退回重开。
3. 如果纳税人变更当月不领票、不开票、不认证将会简化操作，在升级时间上建议选择上述时间办理；
4. 企业取得的红字信息表务必及时开具负数发票，税号升位后，尚未开具红字发票的，将无法开具，需重新开具红字信息表。
5. 升级前对税控设备进行资料备份；
注意：准备申请电子发票、多税控设备的纳税人，强烈建议完成三证合一后再申请，否则后边比较麻烦。