公司章程是一个公司组织与行为的基本准则，它既是注册公司成立的基础，也是其赖以生存的灵魂。然而就是这样一份极其重要的法律文件，目前绝大部分公司章程都是采用工商局提供的固定范本。因此目前许多公司章程中都存在着以下3大法律问题：
问题一：公司章程大量照抄照搬公司法规定，而没有根据自身特点、实际情况制定切实可行的章程条款，对许多重要事项未进行详细规定，造成可操作性不强，制定出来后往往被忘却。
问题二：公司章程有的条款内容不符合《公司法》精神，甚至出现剥夺或变相剥夺股东固有权的情形，对诚信义务强调不够，对公司管理层权限边界定义不够清晰，无法有效保护中小股东的权益，还给公司正常运作带来不利影响。
问题三：绝大多数公司章程几乎雷同，差异仅仅表现为股东的姓名、住所、资本规模等方面，千篇一律。这一问题的出现很大程度上也是由于各个公司章程都在照抄照搬公司法的规定所导致的。
上述问题使得本来重要的自治机制在面对公司与股东的争议、股东之间的争议、公司与高级管理人员的争议时形同废纸。令其发挥不了多大作用，反过来还强化了人们的对章程的不正确认识。下面通过公司法赋予公司章程可自由约定的事项来谈谈解决方案，下述这几点均可在公司章程中自由约定：
1、股东持股比例可与出资比例不一致
对于该问题，公司法并未明确规定可由公司章程另行约定，但司法实践已经认可上述约定属于公司股东意思自治的范畴。
2、分红比例、认缴公司新增资本比例可与出资比例不一致
股东按照实缴的出资比例分取红利；在公司新增资本时股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是全体股东约定不按照出资比例分取红利或不按照出资比例优先认缴出资的除外。
3、表决权可与出资比例不一致
股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但公司章程另有规定的除外。
5、公司章程可排除股东资格的继承
自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；公司章程另有规定的除外。
6、召开股东会会议的通知期限可另行约定
召开股东会会议应当在会议召开十五日前通知全体股东；公司章程另有规定或全体股东另有约定的除外。
